肠系膜淋巴结肿大最常见于肠系膜淋巴结炎，这种疾病的发生原因为肠系膜出现了β-溶血性链球菌，葡萄球菌，大肠杆菌，草绿色链球菌，耶尔森氏菌等细菌的感染。柯萨奇病毒、腺病毒等病毒感染也可以引起肠系膜淋巴结炎。另外患有上呼吸道感染的儿童，也容易出现这种情况，主要是由于吞下了含有病原体的痰。其他，如肠结核、艾滋病、胃肠道的肿瘤、肠系膜的肿瘤都可以引起肠系膜的淋巴结肿大。