由于嗜酸细胞性胃肠炎的病因学与发病机制不明，尚无疗效确切的治疗发放。目前本病的治疗原则是去除过敏原、抑制变态反应，主要通过药物治疗和手术治疗缓解症状。
一、一般治疗
1、对于确定的或可疑的过敏食物或药物应立即停止使用。
2、没有食物和药物过敏史者，可采取序贯法逐个排除可能引起致敏的食物，诸如牛奶(特别在儿童)、蛋类、肉类、海虾、麦胶制品以及敏感的药物。
3、许多患者在从饮食中排除有关致病食物或药物后，腹部疼痛和腹泻迅速改善，特别是以黏膜病变为主的患者，效果更明显。
二、药物治疗
1、激素对本病有良好疗效，多数病例在用药后1～2周内症状即改善，表现为腹部痉挛性疼痛迅速消除，腹泻减轻和消失，外周血嗜酸性粒细胞降至正常水平。
2、以腹水为主要表现的浆膜型患者在激素应用后7～10天腹水完全消失。
3、个别病例激素治疗不能完全消除症状，加用硫唑嘌呤常有良好疗效。
4、色甘酸二钠(色甘酸钠)系肥大细胞稳定剂，可稳定肥大细胞膜，抑制其脱颗粒反应，防止组织胺、慢反应物质和缓激肽等介质的释放而发挥其抗过敏作用。对糖皮质激素治疗无效或产生了较为严重的副反应者可改用色甘酸二钠治疗，作为前者的替代药物。
三、手术治疗
病变局限以肌层浸润为主的患者，常有幽门梗阻或小肠梗阻，药物治疗无效者可考虑行胃次全切除或肠段切除或胃肠吻合术。