妊娠期肺栓塞的治疗也有其特殊性，由于肝素不通过胎盘屏障，且不大量经过乳汁分泌，因此肝素抗凝是妊娠期肺栓塞的基础。在妊娠期前三个月，华法林可以通过胎儿屏障从而产生胚胎病，在妊娠期后三个月，华法林能导致胎儿和新生儿出血以及胎盘早剥，因此华法林在孕前期和孕后期均不能使用，这时候需要用肝素治疗。由于缺乏群众数据，磺达肝癸钠不能用于妊娠期肺栓塞的治疗。另外一些新型的口服抗凝药也不推荐。