中性粒细胞减少症的病因与药物直接作用在骨髓、放射性物质以及遗传因素有关。
1、药物直接作用在骨髓：常见的有甲氨蝶呤、6—巯基嘌呤、烷化剂如环磷酰胺等。抗生素中以氯霉素导致的粒细胞减少最多见。
2、放射性物质：对脊椎、骨盆和胸骨等部位进行放射治疗，可影响骨髓造血功能而致粒细胞减少。
3、遗传因素：又名婴儿致死性粒细胞减少症，为常染色体隐性遗传。