人乳头瘤病毒感染的病因主要包括免疫因素、性生活传播、母婴传播等。
1、免疫因素：因HPV病毒颗粒较小，如接触的身体黏膜面或宫颈、阴道黏膜面出现破损，病毒颗粒可通过破损进入身体，病毒进入身体后，多数可被身体免疫或机体清除掉，但机体免疫较弱的情况下，可大量繁殖，与体内细胞发生融合，最终引发疾病。
2、性生活传播：大部分研究表明妇女的性伴侣数、性交频率、性伴侣患有生殖道疣等均与人乳头瘤病毒感染密切相关。
3、母婴传播：如果孕前没有做好治疗就盲目怀孕，那么感染HPV病毒的孕妇在生产时由于子宫收缩，胎儿通过产道时就容易感染上母体所携带的HPV病毒，出生后胎儿就容易患上尖锐湿疣等HPV病毒疾病。