甲周疣的病原体是人类乳头瘤病毒(HPV)，可通过皮肤的直接接触而传染，也可自身接种而发生新损害。临床观察发现，不注重个人卫生、免疫缺陷以及皮肤经常破溃的人极易感染甲周疣。
一、主要病因
1、直接接触：HPV可通过皮肤黏膜微小破损进入上皮细胞特别是基底层细胞内，并复制增殖，导致甲周上皮细胞异常分化和增生，产生甲周疣。并且疣体的结构非常致密，这又给病毒的繁殖提供了天然的屏障，一般药物难以渗透疣体发挥作用。
2、自身接种：甲周疣患者体内潜存的病毒数量庞大，其中，有20%的病毒存在疣体，还有80%潜伏的HPV病毒存在于皮肤的表皮层及黏膜层中，并可借助其活体的游离性，从身体的一处扩散到另一处，引起机体的多处病变。
二、诱发因素
1、自身免疫异常：病毒更易侵入人体，打破免疫屏障。
2、皮肤破损：缺少皮肤屏障，病毒侵入。