小孩阴茎疼多数是因为包皮龟头炎。绝大部分小孩都有出现包皮过长或包茎的现象，平时卫生清洁不好，包皮分泌的污垢长时间聚集在龟头之类，会滋生很多细菌，这些细菌刺激龟头和包皮，就会引发包皮龟头炎，进而出现阴茎疼痛。另外如果是阴茎内部疼痛，也有可能出现尿路感染，细菌等病原体入侵尿道引发小儿尿道炎也会出现类似表现。