自身免疫性胰腺炎发病机制尚不清楚，但其特征性病理改变为组织及多个器官中广泛的IgG4阳性淋巴细胞(主要是浆细胞)浸润，进而导致硬化和纤维化。自身免疫病理机制与自身免疫胰腺炎高度相关。
1、免疫因素：所有自身免疫病理机制均可能成为自身免疫胰腺炎的病因，如硬化性胆管炎，自身免疫性疾病合并胰腺炎。
2、遗传因素：人体部分基因如KCNA3突变与自身免疫性胰腺炎有关。
3、感染因素：自身免疫性胰腺炎与幽门螺杆菌的感染相关，幽门螺杆菌感染可能诱发和促进自身免疫性胰腺炎进展。