开颅手术后遗症主要是由于原发疾病而不是手术所造成，最常见的后遗症包括：1，颅骨缺损：大于3厘米的颅骨缺损应作修补。2，癫痫：多是由于脑组织受伤后瘢痕形成所致，治疗以抗癫痫药物为主。3，脑脊液漏：一般通过非手术疗法在短期内可自愈。4，颅内感染：多见于开放性颅脑损伤及体内留置导管所致，治疗以脑脊液持续外引流加抗生素抗感染治疗为主。