目前医学对于间质性膀胱炎的治疗主要根据病人的病情选择治疗方式，疗程长短与病情相关。但主要采取的方法为非手术方式，如药物治疗、膀胱内灌注等方法。
一、药物治疗
1、口服药物：免疫抑制药物、抗组胺药、肝素、硫酸戊聚糖钠等。抗组胺药物最常用的为阿米替林，逐渐增量能避免嗜睡和口干的副作用。该药物治疗间质性膀胱炎的机制为通过抑制肥大细胞释放组胺及抑制组胺的作用而缓解间质炎症。近年研究显示，西咪替丁作为H2受体阻滞剂，也能有效治疗间质性膀胱炎，尽管需要连续服用3个月才能有明显疗效，但副作用很小。
2、膀胱灌注药物：包括硝酸银、50%二甲亚砜(二甲基亚砜)及卡介苗等。经膀胱镜将氢化可的松或肝素注射在溃疡周围，可扩大膀胱容量、缓解症状。
二、手术治疗
1、经尿道电切术：适合于多发小溃疡型间质性膀胱炎，近期效果良好，但易复发。
2、膀胱扩大术、尿流改动术：此类手术创口大、易出血、术后感染风险大，应慎重选择。膀胱尿道全长切除及尿流改道是治疗间质性膀胱炎最为极端的方法，去除了间质性膀胱炎的发病和产生症状的器官，以彻底缓解患者的疼痛。膀胱尿道全长切除术后尿流改道，也会明显影响到患者的生活质量。该术式最重要的治疗目标是缓解疼痛，但是有文献报道，即使切除膀胱和尿道全长，仍有部分患者疼痛不能缓解，产生这种现象的原因推测与长期慢性疼痛刺激，引起中枢神经系统改变有关。因此，术前评估该术式是否能缓解患者的疼痛极为重要。
三、其他治疗
1、行为治疗：适用于轻度间质性膀胱炎患者，通过延时排尿，能降低膀胱的敏感性，而缓解尿频、尿急症状。
2、神经刺激治疗：骶神经刺激治疗可改善部分患者的症状。