便秘的原因常常分为三大类：第一类，各种器质性疾病导致的便秘，第二类，功能性便秘，第三类，药物相关的便秘。与器质性疾病有关的便秘常见于肠道的各种疾病，比如肠道肿瘤、肠结核、炎症性肠病、肠粘连、肠梗阻等。此外全身代谢性疾病，比如糖尿病、甲减可以导致便秘。脑血管疾病等神经性疾病，可以引起便秘。另外，长期的慢性疾病以及肌肉的疾病，也可以影响肠道的传输功能引起便秘。与便秘有关的药物，主要包括抗胆碱能药物、抗抑郁药物，以及钙拮抗剂，这主要是用于降高血压的，以及钙剂、铁剂，也可以引起便秘。
功能性便秘常见于慢性功能性便秘，以及便秘型肠易激综合征。主要原因是肠道的传输较慢，这主要见于饮水比较少、摄入膳食纤维不足，以及运动比较少的人。包括有些人会经常抑制排便，以及不正确的使用泻剂，都可以影响肠道的功能。盆底肌肉的功能障碍，比如经产妇，也可以出现排便障碍性便秘。此外，即使肠道传输功能正常，像肠易激综合征的病人也可以出现便秘，这主要是和精神心理因素有关，常见于伴有焦虑、抑郁情绪的病人。