脑炎的诊断依赖于临床症状、影像学检查、脑电图和腰穿脑脊液检查等，多种手段综合判断，但腰穿脑脊液检查是诊断脑炎的必备手段。各型脑炎常见的症状包括意识障碍、发热、头痛、恶心、呕吐、抽搐和精神症状，头颅CT或者核磁共振可见额叶或者枕叶病灶，脑电图可见棘波、尖波或棘慢波，出现这些情况，怀疑有脑炎可能的病人均需行腰穿脑脊液检查以确诊。病毒性脑炎脑脊液检查一般显示脑压高、外观清亮、细胞数轻度升高，糖、氯化物和蛋白正常。而结核性脑炎和细菌性脑炎脑脊液检查，显示脑压高、外观浑浊、细胞数明显升高、糖及氯化物降低、蛋白升高，以此可以鉴别。