牛奶蛋白过敏要想调节肠胃，首先需要立刻停止牛奶蛋白的摄入，不能吃含有牛奶蛋白的东西，不管是奶粉还是食物都不能吃。其次可以考虑选择益生菌药物，调节改善肠胃消化，同时腹泻严重也可以配合使用一些具有收敛止泻作用的中成药，来调节肠胃，保护肠胃黏膜。再次在饮食方面需要选择深度水解奶粉或者氨基酸奶粉，来调节肠胃改善营养。