先天性巨结肠可以选择经肛门Soave手术或者腹腔镜手术来进行治疗，这两种手术方式造成的创伤较小，后期恢复较快，且术后一般不会出现并发症。其中腹腔镜手术主要是利用腹腔镜把结肠拖出体外进行治疗。手术后要听从医生的指导做好护理工作，待伤口恢复之后应该要及时到医院做复查。先天性巨结肠越早进行手术则预后效果便会较好些。