治疗腔隙性脑梗死包括溶栓治疗、抗血小板聚集治疗、降纤治疗、神经保护治疗、中药活血治疗以及外科介入溶栓治疗，造成腔隙性脑梗死的易患因素有高脂血症、高血糖、高血压、肥胖、心脏病、高同型半胱氨酸血症等。
所以治疗腔隙性脑梗死的药物也包括平稳有效的降压药，控制血糖的药物，调脂、稳定斑块的药物，防治心脏病的药物，治疗高同型半胱氨酸血症的药物。对于腔隙性脑梗死的并发症也需要对症治疗，肺部感染、上消化道出血的病人也需要对症治疗。