性交障碍的病因复杂，而性功能是性生活质量必要且重要的组成部分，正常的性心理反应、生理结构、内分泌、神经和血管功能是性功能正常的基础，其中任何一个环节的异常都将导致性交障碍。
一、主要病因
1、精神心理因素：精神心理因素对性功能的影响比较突出，包括错误的性观念、过去性经历的影响、环境因素、人际关系紧张和各种外界因素所造成的负面情绪等。女性性交障碍可能是因为焦虑、畏惧、自卑或伴侣间不信任、生气，也可能因曾受到强硬的性生活方式刺激或对性交过度敏感引起。
2、器质性功能障碍因素：遗传、健康状况、激素水平、年龄、疾病包括慢性病、神经精神系统疾患、内分泌疾病、生殖器官病变等多种原因都可导致性功能障碍。
3、药物饮食因素：药物对中枢神经的镇静或者抑制作用，导致睾丸酮在血液中的浓度下降，另外，竹笋、芥蓝、莲心等食物，或者是长期饮酒者，都会对雄激素的代谢产生抑制作用，影响睾丸酮的合成，从而导致性功能障碍。
4、文化社会因素：由于宗教和文化背景的影响，某些人对性生活存在偏见，认为性交会损耗元气，主观上要放弃或减少性活动，这样容易造成性压抑，最终导致性功能障碍。
二、诱发因素
性交障碍可由以下因素诱发：
1、非正常的性心理反应。
2、糖尿病、冠心病、高血压病、脑卒中、高脂血症、高同型半胱氨酸血症。
3、身体质量指数偏高。
4、吸烟、饮酒等不良生活习惯。
5、夫妻关系不和谐，无法沟通，进行性行为时不能放松。