先天性肥厚性幽门狭窄是一种先天性消化道疾病，所以用药物治疗是无效的，可以采用以下几种方式治疗：第一种，手术治疗，手术切除是治疗先天性肥厚性幽门狭窄最好最常用的方法，可以进行幽门肌切开术，副作用小，疗程短，而且效果好；第二种，可以采用喂养饮食疗法治疗，但是疗程长，而且效果并不是十分理想；第三种，可以采用支持疗法。