甲硝唑软膏可以应用来治疗包皮龟头炎，但是针对的是滴虫型包皮龟头炎。包皮龟头炎最常见的是感染性包皮龟头炎，而感染性包皮龟头炎的致病病原微生物有多种，包括白色念珠菌、支原体、衣原体、滴虫和各种细菌。无论哪种病原微生物致病，治疗的根本原则一致，就是抗菌消炎、内外兼治，选择合适的外用药物和口服药物。
甲硝唑主要针对的是滴虫性包皮龟头炎，通常在滴虫性包皮龟头炎的治疗当中，首选甲硝唑口服。外用的药物主要是乳酸溶液、醋酸溶液，或者高锰酸钾溶液清洗龟头和包皮内侧，而甲硝唑软膏也是针对滴虫进行治疗，所以在治疗当中也可以选择甲硝唑软膏涂抹局部。