因药物不易进入甲板，且甲生长缓慢，故灰指(趾)甲治疗较为困难，其关键在于坚持用药。治疗周期一般为3-6个月，药物治疗一般以口服药物为主，如特比萘芬、伊曲康唑等，外用药物为冰醋酸或尿素软膏等，部分药物治疗效果不理想患者可通过手术拔除病甲改善。
一、药物治疗
1、外用药物：
（1）冰醋酸：30%冰醋酸外涂或者10%冰醋酸泡病甲，持续3~6个月以上。涂药前可先将病甲刮薄，疗效较好。
（2）尿素软膏：用40%尿素软膏包敷后使病甲软化剥离，再外用抗真菌制剂。
2、系统药物：
（1）特比萘芬：连续服药，指甲受累需6~8周，趾甲受累需12~16周。
（2）伊曲康唑：每月服药一周为一个疗程，指甲受累需2~3个疗程，趾甲受累需3~4个疗程。
二、手术治疗
手术拔除病甲：适于症状较重且药物疗效始终不好的灰指(趾)甲患者，可通过手术方式拔除病甲。