子宫内膜异位症常见的症状有疼痛、月经异常和不孕，约25%的患者没有任何症状，疼痛可以表现为痛经、慢性盆腔痛、性交痛或者急腹痛。痛经常表现为继发性痛经，并且随着病变的进展而进行性加重，典型的痛经多于月经开始前1-2天开始，月经第一天最剧烈，以后逐渐减轻。少数病人可能会表现为慢性盆腔痛及加重，约30%的患者可能会出现性交痛，当囊肿破裂的时候也有可能会出现急腹痛。约15%-30的病人可能会有月经量的增多、经期延长或者月经淋漓不尽等，不孕症患者当中约20%-30%可能会合并有子宫内膜异位症。