亚急性硬化性全脑炎的并发症包括肺部感染、视网膜病变、循环衰竭等。
1、肺部感染：由于亚急性硬化性全脑炎是缺损型麻疹病毒所致，可能会并发肺部感染；
2、视网膜病变：脉络膜视网膜炎的神经症状的发生可作为本病的潜在线索，麻疹病毒导致的视觉症状可损伤从视网膜到枕叶皮质的视觉通路；
3、循环衰竭：亚急性硬化性全脑炎3期以后常伴有自主神经功能障碍，导致机体循环系统出现衰竭。