肾盂肾炎的尿常规检查，尿液中可以看到白细胞、红细胞或少量蛋白。尿沉渣镜检可以看到每高倍镜视野下白细胞计数>5个。
白细胞尿对于尿路感染肾盂肾炎的诊断是很重要，尤其是当尿液中发现白细胞管型的时候，是高度提示肾盂肾炎的。部分患者会有镜下血尿，少数患者会有肉眼血尿，而蛋白多为阴性或很少量。
肾盂肾炎的患者还需要做尿细菌培养，可以采用清洁中段尿或者膀胱穿刺尿做细菌培养，当尿液中培养出细菌的时候，可以根据药敏试验，然后选用敏感的抗生素进行治疗。