绝大多数的肝脓肿，通过适当的治疗，可以达到痊愈的治疗效果。肝脓肿是肝脏在感染的基础之上发生了病变，所以在治疗上首先要控制感染。对于细菌性感染可以使用较大剂量的抗生素进行控制；对于阿米巴性肝脓肿，可以使用抗阿米巴药物。在感染得到控制之后，对于较大的囊肿可以进行切开引流、手术切除等相关的治疗。如果没有引起肝脏功能的严重衰竭，大多数病人可获得良好治疗效果。