由于肛窦炎是肛周的一种潜在感染性病灶，所以保持肛周清洁卫生。同时建立良好的生活习惯和饮食习惯对预防疾病发生或避免疾病进一步加重有益处。
（1）积极治疗腹泻和便秘等疾病，去除诱发因素。
（2）经常运动，避免熬夜，提高机体免疫力。
（3）便后注意肛周清洁，可温水坐浴。
（4）避免因减肥等原因而滥用泻药。