小肠血管畸形的确切发病机制还不是很明确，可能与先天性血管发育异常、长期慢性缺氧致血管代偿性增生等诸多因素相关。有先天性病变如先天小肠血管发育不良者及血管发生退行性病变的老年人好发本病，饮食等因素也容易诱发本病。
1、先天性血管发育异常：由于血管畸形在年轻人并不少见，发病的患者一般既无心肺疾病，又无右半结肠腔径异常，在组织上畸形血管亦无获得性改变的特征，因此认为小肠血管畸形患者的病因是先天性血管发育异常。
2、后天获得性退行性变：发病可能与黏膜下静脉随年龄增长而发生的退行性病变有关。