来姨妈原则上可以打HPV疫苗第三针，最好能避开经期。有些人经期会有各种不适，接种疫苗后不能分辨是疫苗副反应还是经期不适，所以最好能避开。
打HPV疫苗目前没有发现特别严重的副作用，比较常见的不良反应是接种部位的局部反应，比如疼痛、肿胀、红斑、瘙痒、硬结等。个别人有一些全身的不良反应，比如发热、头痛、眩晕、疲劳、肌肉痛、关节痛，还有恶心、呕吐、腹痛等胃肠道的反应。一般接种部位的不良反应多为轻中度，大多自然缓解，不需要特殊处理。全身的不良反应也比较轻微，有自限性，不需要特殊处理。