大三阳有可能转为小三阳，当机体的免疫功能发生改变就有可能使大三阳转为小三阳。另外病毒本身如果发生了前C区变异，乙肝E抗原不能合成而出现乙肝e抗体阳性也会变为小三阳。如果大三阳患者使用干扰素或核苷类食物药物进行抗病毒治疗，也有机会出现转为小三阳。
但并不是大三阳转为小三阳就一定是好事情，如果同时伴有DNA转阴说明病毒复制得到抑制、传染性下降、病情趋于稳定，这就是比较好的结果。如果DNA没有转阴，只是单纯的大三阳转为小三阳大部分都是病毒的变异，以后发病起来病情还有可能更严重，反而就不是一件好事。