先天性青光眼的病因目前尚未完全阐明，虽然确切的发病机制还未被证实，但遗传导致的房角结构发育异常是先天性青光眼的重要发病因素。
一、主要病因
先天性青光眼是由于胚胎期和发育期内眼球房角组织发育异常所引起，发病主要与遗传因素有关，多为常染色体隐性遗传，或伴有其他先天性异常，主要包括单纯的小梁发育异常、虹膜小梁网发育异常和角膜小梁发育异常，造成房水不能有效引流，从而导致眼压升高。
二、诱发因素
1、药物：孕妇如果在孕期内用过一些容易导致基因突变的药物，孩子就可能会造成先天性青光眼。
2、辐射：孕妇如果在孕期内不注意防护，一些电离辐射也会造成孩子发育异常，形成先天性青光眼。