肾脓肿需要与囊性肾癌、肾囊肿合并感染、肾结核鉴别。
1、囊性肾癌：起病隐匿，以无痛性血尿为最早症状，肾肿瘤中组织出现坏死时，亦可以引起发热，但多为低热。肾肿瘤生长过大时，可以出现肾区疼痛，也多为隐痛，肾癌边界不清楚，CT 表现囊壁厚薄不一囊实性肿块。
2、肾囊肿合并感染：腰痛、腹痛较轻，无明显膀胱刺激征。CT示囊肿囊腔壁较薄，边界较清晰，增强后多无环状强化带。
3、肾结核: 病程长，有结核传染史，有消瘦、低热等表现，CT 表现单侧或双侧肾多发性囊状病变，周边或囊腔内见不规则钙化。