非淋菌性尿道炎的临床表现，主要表现为尿频、尿急、尿痛，尿道有时可以见稀薄的尿道分泌物，严重情况下甚至可以有血尿，以及下腹坠胀、疼痛等临床的表现。
大多数非淋菌性尿道炎可能跟支原体、衣原体等具有相关性，在临床上其症状可以通过药物来进行控制，包括使用大环内酯药、阿奇霉素、喹诺酮类的药物，通常可以使大多数的非淋菌性尿道炎得到症状的改善。其治疗周期通常7-14天，也可以根据尿常规以及尿细菌培养的结果，来制定治疗方案以及治疗周期。