疱疹病毒主要包括单纯疱疹病毒和水痘-带状疱疹病毒，单纯疱疹病毒感染引起的主要是单纯疱疹，水痘-带状疱疹病毒感染既可以引起水痘，也可以引起带状疱疹。无论是单纯疱疹病毒还是水痘-带状疱疹病毒，感染以后首选的系统用药就是核苷类的抗病毒药，例如阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦，一般的疱疹病毒感染，系统用药主要是选择口服这一类的药物。对于严重的疱疹病毒感染，可以考虑静脉注射阿昔洛韦。如果对这一类的药物不敏感或者说症状非常严重，也可以静脉用膦甲酸钠。
除了系统用药之外，疱疹病毒感染以后还可以引起皮肤黏膜的症状，例如皮肤出现一些成簇的水疱、丘疹、破溃，可以局部用抗病毒的外用制剂，例如阿昔洛韦软膏。如果感染到结膜，可以用眼用的抗病毒药物，例如更昔洛韦的滴眼液或凝胶。其他的疱疹病毒感染引起的并发症，要根据并发症具体的症状采用对症的治疗方法，例如带状疱疹主要的病发症状就是神经炎、神经痛，可以通过营养神经、消炎镇痛来进行对症治疗。