汉坦病毒肺综合征病程分为三期，即前驱期、呼吸衰竭期（心肺期）和恢复期。其症状包括畏寒发热、头痛、咳嗽气促，甚至出现呼吸衰竭等。
一、典型症状
1、前驱期：发病之初有流感样症状，出现畏冷、发热、肌痛、背痛、头痛、乏力等中毒症状。
2、呼吸衰竭期：可出现咳嗽、气促和呼吸窘迫，重症患者可出现低血压、休克、心力衰竭、心率失常等症状。
3、恢复期：此时大多数患者呼吸平稳，缺氧得到纠正，体力可逐渐恢复。少数患者仍可见持续低热、乏力。
二、其他症状
一些患者在发病前可伴有恶心、呕吐、腹泻、腹痛等胃肠症状。少数患者在呼吸衰竭期可出现睑结膜充血、球结膜水肿、皮肤黏膜出血点或出血斑，部分患者在恢复期即可无肺综合征的表现。