子宫腺肌病与多次妊娠、分娩、人工流产，以及慢性子宫内膜炎等造成的子宫内膜基底层损伤有密切关系。子宫腺肌病和子宫肌瘤、子宫内膜增生经常同时存在，提示雌孕激素水平过高，也可能是子宫腺肌病的原因之一。
1、子宫损伤：进行剖宫产等子宫手术时，在手术过程中，可能会将子宫内膜碎片带入子宫，损伤肌层，引发该疾病。
2、高雌激素血症和高泌乳素血症：这两种疾病发生时，雌激素和泌乳素高度分泌，使子宫内膜增长过快，发生该疾病。
3、生殖道梗阻：输卵管炎症、子宫内膜异位症等可导致生殖道梗阻，使经血排出受阻，从而侵入肌层，导致发生子宫腺肌症。
4、遗传因素：某些患者的发病可能与遗传有关。
5、免疫与炎症因素：免疫杀伤细胞的细胞毒作用减弱，而不能有效清除异位内膜。腹腔液中巨噬细胞、炎性细胞因子、生长因子、促血管生成物质增加，从而促使异位内膜存活、增殖，并导致局部纤维增生、粘连。
6、其他因素：局部微环境、血管生成因素、细胞凋亡减少等，也与疾病的发生有关系。