临床上由不同的原因导致，所以治疗要区分不同的病因，进行针对性的治疗。尿痛最常见的原因是感染，例如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎，引起尿痛的同时常常伴有尿频、尿急、尿不尽感以及尿道的分泌物。这类的尿痛主要是抗感染治疗，也就是使用抗生素，只有控制了炎症，尿痛才会逐渐好转。
尿路结石，比如输尿管下段结石、膀胱结石、尿道结石，都可以引起尿痛，很显然只有处理好了结石。结石排出来了，或者结石被击碎了，尿痛才会好转。
肿瘤晚期，比如前列腺癌膀胱癌的晚期，会导致尿痛，也是要治疗原发病，治疗肿瘤的同时尿痛可能会逐渐好转。这是针对病因进行治疗，还有针对症状进行治疗，就是以缓解疼痛为主，使用常用的止疼药或者缓解痉挛的药，对尿痛会有一定的帮助。