由于新生儿先天性巨结肠轻症可内科保守治疗，如维持营养及水电解质平衡、控制感染和药物治疗，重者根据情况需手术治疗。
一、一般治疗
1、维持营养及水电解质平衡：不能进食者需给予静脉营养，电解质紊乱者需纠正电解质紊乱，维持内环境稳定。
2、控制感染：合并感染者需给予积极抗感染治疗，必要时球菌、杆菌均应覆盖到。
二、药物治疗
在采取手术治疗之前，可先行药物治疗，使患儿达到每天或隔天排便1次，以解除低位肠梗阻症状为药物治疗的主要目的。通过药物治疗，大部分患儿可以维持排便4~6个月。
1、开塞露：开塞露为临床维持，促进排便最常用药物，也可使用甘油栓塞肛。
2、润滑剂或缓泻剂：润滑剂或缓泻剂的用药量可以根据粪便性状及次数酌情加减，以助每日排便，临床常用乳果糖、低聚果糖、聚乙二醇等。
三、手术治疗
1、结肠造瘘术：非手术治疗无效，又不能实施根治性手术时的过渡性治疗措施。
2、根治手术：将有病变的结肠连同乙状结肠、直肠一段缺少神经节细胞的肠段切除，然后做结肠-直肠吻合术，该技术已越来越成熟。