颅内静脉窦血栓的治疗方法，包括病因治疗、对症治疗、特异性治疗和远期治疗。
病因治疗是针对感染性静脉窦血栓的患者，尽早针对病原菌，使用敏感、足量、足疗程的抗生素以及处理原发病灶，对症治疗是进行脱水降颅压治疗，同时注意血、电解质和肾脏的功能，高热患者应给予物理降温，癫痫发作者给予抗癫痫治疗。
此外，特异性治疗是指针对血栓本身的抗凝、溶栓或者机械取栓治疗，而远期治疗是指治疗原发病和危险因素，继续口服抗凝剂3-6个月。