胃食管反流性咳嗽的总体治疗为长期持续性治疗，控制症状后也需要一年以上的康复期。一般治疗以抑酸为主，药物治疗以雷贝拉唑、胶体果胶铋、阿奇霉素、潘立酮、沙丁胺醇气雾剂为主，其他治疗主要是手术治疗。
一、一般治疗
一般治疗以抑酸治疗为主，可有效缓解刺激性咳嗽发生的频率。
二、药物治疗
1、雷贝拉唑：主要作用是抑制胃酸的生成，是治疗本病的根本措施，胃酸分泌减少才能抑制其对咽喉的刺激，从而降低刺激性咳嗽发生的频率。
2、沙丁胺醇气雾剂：接触支气管痉挛的药物，可在患者呼吸困难的急性发作期有效缓解症状，避免造成呼吸衰竭等危急重症。
3、胶体果胶铋：具有代表性的修复胃黏膜的药物，长期的胃酸分泌过多可导致胃黏膜的损伤，应用本药可有效修复胃黏膜，促进疾病康复。
4、阿奇霉素：针对于本病当中的刺激性咳嗽，可有效控制咳嗽症状，坚持服用对于咳嗽的缓解较为理想。
5、多潘立酮：促进胃动力的药物，可改善本病患者的消化不良症状，减少胃食管反流的发生，从而改善症状。
三、手术治疗
经过足够强度和时间的治疗，咳嗽仍无改善，可以采取抗反流的手术治疗，例如腹腔镜下胃底折叠术，有效率为58%~85%。