小儿感染性心内膜炎的病程通常会比较长。如果是急性的，在积极治疗的前提之下，病程一般要2~6周。如果是小儿亚急性感染性心内膜炎，病程就会比较长，有可能需要6周到6个月左右。病程的长短主要取决于治疗的及时程度，有无并发症，用药是否敏感等。大剂量使用敏感度高的抗生素静脉滴注，要足够疗程，尽量及早治疗可以缩短病程。