新生儿肠梗阻的常见病因是消化道畸形引起的先天性机械性肠梗阻。另外，功能性肠梗阻还可能因粪块堵住肠腔而引起。孕期母亲羊水过多和早产儿好发本病。
一、主要病因
1、机械性肠梗阻：
（1）肠腔外梗阻：引起肠梗阻的先天性疾病包括先天性肠旋转不良嵌顿性腹股沟斜疝、腹内疝、先天性纤维索条、梅克尔憩室索条、胎粪性腹膜炎后遗症粘连等。后天疾病包括手术后粘连、腹膜炎后粘连、结核性粘连、胃肠道外肿瘤压迫、肠扭转等。
（2）肠腔内梗阻：多由先天性肠闭锁及肠狭窄、先天性肛门闭锁等先天性疾病引起。也可由肠套叠、蛔虫性肠梗阻、肠管内异物及粪石、肠壁肿瘤等后天性疾病造成。
2、功能性肠梗阻：系胃肠道蠕动功能不良致肠内容传递运转作用低下或丧失，多因中毒、休克、缺氧及肠壁神经病变造成，常见于重症肺炎、肠道感染、腹膜炎及败血症的过程中。
二、诱发因素
母亲在孕期有过患病史、服药史和羊水过多史等，都可诱发本病。