婴幼儿时期的颅骨缺损主要因为先天发育异常导致，而成人颅骨缺损可因颅脑外伤、手术切除引起。本病好发于脑外伤患者、脑肿瘤患者。
1、先天因素：在婴幼儿时期可能会由于先天的局部结构生长发育异常的原因导致的这种结构改变。
2、后天因素：
（1）颅脑外伤：当头部发生车祸伤、穿通伤时，可直接导致颅骨缺损，当外伤导致颅内血肿、颅内高压时，可能需要去除部分颅骨达到减压的目的。
（2）手术切除：当患有颅骨肿瘤或颅骨异常发育时，或大范围脑梗死继发脑水肿及颅高压时，需要手术去除部分颅骨达到减压的目的，因此造成颅骨缺损，另外如果患者出现感染如颅骨骨髓炎后存在死骨，手术切除后会导致颅骨缺损。