颅骨嗜酸性肉芽肿主要表现为头颅局部肿胀，病变可发展局部疼痛性肿块，压痛、头皮水肿、病变区域较软。此外，患者可出现低热、体重减轻等全身症状。
1、疼痛：颅骨嗜酸性肉芽肿发病较为缓慢，不易发现，对于症状较轻的患者可出现轻度骨骼疼痛。
2、头皮肿胀及颅骨缺损：颅骨嗜酸性肉芽肿累及较为浅表部位，如头皮时，可出现局部的肿胀，到了晚期时，由于患者的骨结构严重破坏，可出现颅骨缺损。
3、部分患者可出现低热、体重较轻等全身症状。