支原体感染可以使用氟喹诺酮类或者大环内酯类的抗生素来治疗。常用的氟喹诺酮类抗生素包括左氧氟沙星和莫西沙星。常用的大环内酯类的药物是阿奇霉素。上述药物均可以口服也可以静脉输注治疗。目前支原体对大环内酯类药物耐药率较高，所以成人的支原体感染首选氟喹诺酮类药物。但由于氟喹诺酮类药物会影响儿童的软骨发育，因此儿童的支原体感染，只能使用大环内酯类药物，最常用的就是阿奇霉素。