低位复杂性肛瘘手术的复发率在5%左右，如果低位肛瘘有多个外口、多根瘘管，或者虽然只有一个外口一根瘘管，但瘘管走形比较复杂时，均称为低位复杂性肛瘘。对于多个外口多根瘘管，如果瘘管相对偏直，走行不复杂，其复发率非常低，在1%以下。
对于只有单根瘘管、单个外口，但是瘘管走形非常复杂，有些呈马蹄状，有些呈环状，经手术治疗以后其复发率可能相对偏高，大约在5%左右。
肛瘘患者在手术前还是应该行磁共振检查，明确瘘管的走形，可以降低术后的复发率。