嗜酸性脓疱性毛囊炎的病因和发病机制尚不明确，可能主要与皮脂溢出、性激素及免疫系统受损有关，目前主要认为该疾病是对各种抗原刺激的一种多因子的免疫系统反应。
1、皮脂溢出：皮脂腺和皮肤表面脂质物可作为自身免疫的抗原刺激物或嗜酸性粒细胞趋化因子等，均可导致嗜酸性脓疱性毛囊炎的发生。
2、性激素：雄激素水平高可使皮脂腺增大及皮脂分泌增加，进而导致嗜酸性脓疱性毛囊炎的发生。
3、免疫系统受损：如各种抗原刺激(如感染、药物)以及自身免疫性疾病，使免疫系统受损导致的一种非特异性反应，可能发生嗜酸性脓疱性毛囊炎。