口底癌患者一般进行综合序列治疗，强调以手术为主，配合放疗与化疗。可辅以生物治疗、中医中药治疗与营养治疗，提高口腔癌治疗疗效。
一、药物治疗
1、细胞毒素类：主要药物是氮芥、环磷酰胺，该类药物对于快速分裂的细胞杀伤作用很强，可以有效杀灭癌细胞。
2、抗代谢类：常用药物有甲氨蝶岭、氟尿嘧啶等，该药物可以有效影响或是拮抗代谢，常见不良反应为消化道反应，患者可能会出现恶心、呕吐等症状，需及时告知医生。
3、抗生素类：常用药物有博莱霉素、平阳霉素、阿奇霉素、阿霉素等，可有效杀灭体内的细菌。
二、手术治疗
1、口底癌原发灶手术切除：手术时必须遵循肿瘤外科原则，对恶性肿瘤必须完全、彻底的切除。
2、对可能有淋巴转移的恶性肿瘤，还应施行根治性颈淋巴清扫术或肩胛舌骨上颈淋巴清扫术，以将其所属区域的淋巴组织彻底清除。
3、口底缺损区组织修复：可行前臂游离皮瓣修复、腓骨肌皮瓣修复或胸大肌皮瓣修复，视原发灶大小决定。
三、放射治疗
患有口底癌的患者，还可以适当采用放疗的手段进行治疗。该治疗方式主要适用于手术切缘有癌组织残留或接近癌组织，癌症侵犯周围神经或是已经出现淋巴结转移的患者。对于手术后的患者，应用放疗还可以有效杀灭亚临床的转移灶。
四、营养治疗
给患者静脉输入高营养液，可使癌患者的免疫功能却明显提高。手术后的患者，在给予高营养液补充后恢复快，创口愈合加速。高营养补充后肿瘤虽加速增殖，但对化学抗癌药物的敏感性增加，从而可提高疗效，对于放射治疗的敏感性也有增加。有些患者因营养不良而无法进行较大剂量抗癌治疗，在高营养治疗后体质改善，能忍受抗癌治疗。因此，营养疗法已成为抗癌治疗的一种辅助手段，一般在补充高营养后1~2周施行抗癌药化疗或放射治疗，效果较佳。
五、中医治疗
中草药：如人参、黄芪、女贞子等，也可通过调节机体自身功能而实现治疗效用。中药中有不少免疫增强剂或免疫调节剂，均有待今后进一步的发掘与研究。
六、其他治疗
1、免疫治疗：此类药物有细菌菌苗、胸腺素、单克隆抗体、淋巴因子、转移因子以及免疫核糖核酸等，可提高机体对癌细胞的免疫能力，但疗效不稳定。
2、细胞因子治疗：此类药物有白细胞介素-2、肿瘤坏死因子以及干扰素等，它们是在细胞因子水平上进行所谓的生物应答调节，具有只杀伤肿瘤细胞而不损伤机体正常细胞的特点，但仍不常用。
3、分子靶向治疗：口腔颌面-头颈部肿瘤临床的分子靶向药物，主要是抗表皮生长因子受体类药物，如西妥昔单抗和尼妥珠单抗。它们在细胞分子水平上，针对已经明确的致癌位点(肿瘤细胞内部的蛋白分子、基因片段或基因产物)，来设计相应的治疗药物，药物进入体内会特异的选择致癌位点来相结合发生作用，使肿瘤细胞特异性死亡，而不会波及正常组织细胞，具有治疗特异性强、效果显著、基本不损伤正常组织的优点。