腱鞘囊肿发生的原因主要是跟活动和组织退变有关。患有免疫系统疾病，比如类风湿性关节炎，感染性的疾病，还有骨性关节炎也容易诱发腱鞘囊肿。
腱鞘囊肿通常发生在手腕和脚背，两个部位活动较多且腱鞘狭窄，有些职业的人需要长期重复某一关节的活动，比如程序员、打字员需要长时间活动手指关节，久而久之肌腱在腱鞘内摩擦，滑膜容易引起无菌性的炎症肿大。
随着年龄的增长，关节囊和腱鞘纤维组织变得松弛，肿大的滑膜囊容易变得更大，囊肿的外壁组织变得坚韧，腱鞘囊肿就形成了。
女性喜欢穿高跟鞋，容易导致前脚掌部位的受力过重，引起关节部位异常的受力，导致滑膜里面产生无菌性炎症，进而可形成腱鞘囊肿。