新生儿房室传导阻滞多因母亲患有免疫性疾病或患儿发生各种心肌炎性病变所致，还可以因某些药物导致，偶尔也可见于正常人，与迷走神经张力增高有关，好发于母亲患有自身免疫性疾病的新生儿、心肌炎的患儿，无特殊诱发因素。
1、母亲患有免疫性疾病：如果母亲在孕期患有结缔组织病，血清中的抗体通过胎盘会与胎儿的心脏系统发生反应，导致患儿的心脏系统发育异常，出现先天性新生儿房室传导阻滞。
2、心肌炎性病变：以病毒性心肌炎最为多见，病毒侵犯心脏传导系统，会发生房室传导阻滞。
3、药物因素：母亲服用某些药物也可影响胎儿心脏传导系统，出现新生儿房室传导阻滞，如洋地黄、奎尼丁、氯喹、普鲁卡因等。
4、其他：迷走神经张力增高、缺氧、电解质紊乱等非疾病因素也可影响心脏传导系统，导致新生儿房室传导阻滞的发生。