不动杆菌根据感染部位不同和病情轻重不一，而症状差异很大，发热一般是感染的首发和最常见的症状，伴随乏力、嗜睡等症状，其并发症包括败血症、脑膜炎、感染性休克。
一、典型症状
1、肺部感染：肺部感染是临床最常见的感染类型。误吸、气管切开或插管、手术麻醉、呼吸机使用等是感染发生的危险因素。临床表现与其他革兰阴性茵所致肺炎类似，有发热、咳嗽、咳痰、气促及胸痛等，肺部听诊可闻及湿性啰音。经常可以从痰液中同时分离多种细菌。
2、泌尿生殖系统感染：也是目前临床较多出现的感染部位，大多与导尿管留置相关。除此之外，泌尿生殖道的造瘘和周围组织的炎症等也是可能的诱因。经常可以从尿液中同时分离出多个菌种。感染可以引起肾盂肾炎、膀胱炎、尿道炎、阴道炎等，亦可呈无症状菌尿症，临床上很难与其他革兰阴性菌所致的感染区别。主要表现为血尿或脓尿、尿路刺激症状、生殖道脓性分泌物等。一旦感染部位周围形成脓肿，需外科协助处理。
3、伤口及皮肤软组织感染：出现于院内感染时很多为多重耐药菌。临床特点与其他革兰阴性细菌所致感染并无明显不同，感染部位会出现红肿，甚至流脓，极少出现蜂窝织炎。只有感染严重且合并血流感染时才会引起全身表现。
4、血流感染：往往发生于病情危重的患者，是最严重的感染类型之一，病死率可高达46%。其中，发病前使用糖皮质激素、感染性休克是死亡的独立危险因素。多发于手术或侵入性操作、深静脉置管、免疫抑制剂使用等。临床表现为发热、全身中毒症状、皮肤瘀点或瘀斑以及肝脾肿大等，重者有感染性休克。
5、中枢神经系统感染：多发生于脑膜炎或颅脑手术后。感染途径可以是呼吸道、腰穿等侵入性操作、手术部位周围皮肤软组织感染等。临床表现为发热、头痛、恶心、呕吐等，可出现脑膜刺激症状、病理征阳性。脑脊液浑浊，白细胞明显增高，颅压升高。此类患者病情危重，病死率高。
二、其他症状
不动杆菌尚可引起其他部位的感染，且形成化脓性炎症，如化脓性关节炎、骨髓炎、腹膜炎、腹腔脓肿、眼部感染和口腔脓肿等。