食管炎一般的疗程是八周，主要包括促动力药以及抑酸药的治疗。促动力药多包括多潘立酮或者莫沙必利，抑酸药一般用质子泵抑制剂，比如雷贝拉唑、艾司奥美拉唑、奥美拉唑，或者兰索拉唑等。质子泵抑制剂在治反流性食管炎的时候，往往推荐上下午各一次，才能很好的控制症状。
一般八周的情况下，糜烂、红斑，或者溃疡反流性食管炎的症状都有很好的改善，但是反流性食管炎患者如果不注意饮食或者诱因并没有去除，比如腹压过高、饮食不当、贲门松弛，有可能导致食管炎的复发。所以有些患者一旦停药，有可能症状再次出现，在这种情况下规律治疗以后还可以按需治疗，比如有症状的时候可以服药，症状明确好转后可以停药，也可通过逐渐停药的方式来治疗。对于难治性的反流性食管炎，如果停药后再次出现，可以缓慢减少用药，逐渐停药。