出现鳃裂瘘管通常是由于胚胎发育异常导致的一种先天性疾病，也有可能是由于遗传等因素导致疾病发生。当母亲在妊娠期间子宫内环境异常或有辐射、化学物质接触时，也是会增加患病的因素。
一、主要病因
鳃裂瘘管是胚胎时鳃裂发育异常引起的一种先天性疾病。最常见的是第二鳃裂囊肿及瘘管，由第二鳃弓或第二鳃沟闭合不全引起，大多数外瘘口位于胸锁乳突肌前缘下1/3处，瘘管经颈阔肌下沿颈动脉鞘上行，穿越颈动脉分叉，到达腭扁桃体窝，内瘘口位于此处，囊肿多位于胸锁乳突肌前缘中1/3处。
二、诱发因素
1、妊娠期间孕妇有辐射或化学污染接触史。
2、妊娠期间胎儿所处子宫内环境异常。